Windows IE を判別してIEだけにJavaScriptやCSSを適用するには以下のように条件分岐コメント（タグ）を使用します。

ただし

IE バージョン10以降（IE 10, 11）では条件分岐コメントは適用されません

なのでIE10 ,11 の場合はJavaScriptを使用して条件分岐する必要があります。

■ 条件分岐コメント使用例

指定のバージョン（IE バージョン8の場合に ie_only.css を読み込ませる）
<!--[if IE 8]>
    <link rel="stylesheet" href="ie_only.css" type="text/css" />
<![endif]-->

指定のバージョン以上（IE バージョン8,9の場合に ie_only.css を読み込ませる）
<!--[if gte IE 8]>
    <link rel="stylesheet" href="ie_only.css" type="text/css" />
<![endif]-->

指定のバージョン以下（IE バージョン8,7,6,5 の場合に ie_only.css を読み込ませる）
<!--[if lte IE 8]>
    <link rel="stylesheet" href="ie_only.css" type="text/css" />
<![endif]-->

指定のバージョンより上（IE バージョン9の場合に ie_only.css を読み込ませる）
<!--[if gt IE 8]>
    <link rel="stylesheet" href="ie_only.css" type="text/css" />
<![endif]-->

指定のバージョン未満（IEバージョン 7,6,5 の場合に ie_only.css を読み込ませる）
<!--[if lt IE 8]>
    <link rel="stylesheet" href="ie_only.css" type="text/css" />
<![endif]-->

■JavaScript使用例（Windows IE 10,11 用）

// （IE バージョン5, 6, 7, 8, 9, 10, 11の場合に ie_only.css を読み込ませる）
<script type="text/javascript" >
if (navigator.userAgent.indexOf('msie') >= 0 || navigator.userAgent.indexOf('Trident') >= 0){
		var d = document;
		var link = d.createElement('link');
		link.href = 'ie_only.css';
		link.rel = 'stylesheet';
		link.type = 'text/css';
		var h = d.getElementsByTagName('head')[0];
		h.appendChild(link);	
}
</script>