JSON ファイルにコメントを記述することはできませんが以下のように無効なパラメーターとして登録しておくことでコメントを対応させることができます。
_comment にコメントを記述する
{
"_comment": "comment text goes here...",
"glossary": {
"title": "example glossary",
"GlossDiv": {
"title": "S",
"GlossList": {
}
}
}
}