まずは確認します
git diff 古いコミットID 新しいコミットID
これで更新ファイルと更新内容確認します。
問題なければバッチファイルを作成します。ファイル名を後に指定するだけです
パッチファイル(myfile.patch)を作成する
git diff 古いコミットID 新しいコミットID > myfile.patch
これでバッチファイルが作成できました。
Windows用に改行コードを CR+LF にする場合は nkf をかませます
git diff 古いコミットID 新しいコミットID | nkf -Lw > myfile.patch
patch.exe -p1 --dry-run < myfile.patch
オプション
-p1 1階層階層の違いを無視します。
--dry-run ドライラン（テスト実行します）
これでエラーが表示されなければ --dry-run をはずして実行します
patch.exe -p1 < myfile.patch
参考
https://qiita.com/sea_mountain/items/7d9c812e68a26bd1a292
http://2hz.org/akebia/item/699
こちらに、ユーザーアカウント制御（UAC）対応版を作ってくださってる方がいるのでこちらからダウンロードしましょう。